Место массовых расстрелов в годы Большого террора было обнаружено в 1997 году в лесном массиве в 4 км от села Деревянное Прионежского района местными жителями. Обследование местности летом 1998 и 1999 годов проводил Ю.А. Дмитриев, исследователь истории политического террора в Карелии. Им было обнаружено около 40 могильников и выявлено наличие в земле останков. Прионежская районная прокуратура провела проверку и подтвердила факт проведения в этих местах НКВД массовых расстрелов. По данным прокуратуры, расстрелы проводились в два периода: с 9 августа по 15 октября 1937 и с 26 сентября по 11 октября 1938. Большая часть казненных – люди в возрасте до 40 лет, разных профессий, вероисповеданий и национальностей. Большинство из них были приговорены к расстрелу по ст. 58 УК РСФСР («контрреволюционная деятельность»). Ю.А. Дмитриевым установлено число расстрелянных (1193 человека) и имена большинства из них. В поиске персональных данных помощь ему оказывал И.И. Чухин (по созданной им базе данных репрессированных в 1937–1938 гг.). Среди расстрелянных в Красном бору больше всего финнов и карелов.  В 2000 году список расстрелянных в Красном Бору был опубликован в петрозаводской газете «Северный курьер».

Мемориальное кладбище было открыто 31 октября 1998. Администрация Прионежского района выполнила работы по благоустройству территории и выделила средства на памятники на центральной площадке. Площадь кладбища составляет 2,9 га; по официальным данным, здесь находится около 50 отдельных захоронений. На кладбище несколько мемориальных площадок и отдельные типовые памятные знаки над могильными ямами (деревянные кресты – вариант поморского креста-голубца), к которым родственники погибших прикрепили личные памятные знаки. Эксгумированные в 1997 останки были перезахоронены 30 октября 1998 в братскую могилу у входа, на ней установлены две гранитные стелы с надписями «Жертвам политических репрессий» и «Здесь покоится прах безвинно убиенных». 30 октября 2006 состоялась церемония открытия памятника «Жертвам красного террора», созданного по инициативе Ю.А. Дмитриева («Красные камни»); 17 октября 2009 – освящение Поклонного креста, установленного Обществом казаков Карелии; 30 октября 2010 – Поклонного креста от Совета уполномоченных VI Съезда карелов и карельской общественности.

Мемориальное кладбище имеет статус выявленного объекта культурного наследия (приказ Минкультуры Республики Карелия № 273 от 25.11.2004). Уход за местом захоронения осуществляет администрация села Деревянное и администрация Прионежского района. Траурные церемонии проходят ежегодно 30 октября, в День памяти жертв политических репрессий. На территории мемориала находится памятник павшим в боях Великой Отечественной войны, который был установлен до обнаружения здесь в 1997 расстрельных ям. В 1941 по урочищу проходила линия обороны против финских войск, которую защищал сводный отряд милиционеров и сотрудников НКВД (в то время милиция являлась структурным подразделением НКВД), и их останки похоронены здесь же. При создании мемориала по решению организаторов памятник был сохранен.