Спецпоселок для для раскулаченных крестьян был основан в 1933, первоначально назывался Могильный Яр, с 1939 – село Новый Васюган. В 1940-е сюда были доставлены депортированные из Прибалтики и с Кавказа. Умерших ссыльных хоронили в общих и индивидуальных могилах на отдельном кладбище на берегу реки Васюган. Впоследствии основная часть захоронений ушла под постройки и огороды, сохранился небольшой поросший сосняком участок. В 1989 приезжавшие сюда из Эстонии Ю.Лехтрандт и К.Туулик, бывшие воспитанники Тогурского и Айполовского детских домов для сирот-спецпоселенцев, установили на кладбище крест в память о погибших эстонцах с надписью «Mеmеnto» (впоследствии утрачен). В 1996 по инициативе бывших ссыльных на средства администраций Томской области и Каргасокского района установлен памятник всем погибшим на Васюгане. В 1997 по инициативе томского писателя В.Н.Макшеева, бывшего спецпоселенца, на средства районной администрации установлен памятник «В память о жертвах политических репрессий 1931–1951 годов» (арх. В.Н.Мороз). В 2000-е на кладбище установлены личные памятные кресты умершим на спецпоселении (О.Ф. и С.Н. Макшеевым, М.В.Карамзиной и Н.Паульсену).