В 1917–1921 тюрьма Трубецкого бастиона Петропавловской крепости входила в систему тюрем ВЧК/ОГПУ. В период «красного террора» здесь совершались казни. С конца 1980-х в ходе строительных работ на территории крепости неоднократно обнаруживали останки расстрелянных. В 2007, когда было обнаружено очередное захоронение, прокуратура впервые возбудила уголовное дело и произвела расследование. Поиски мест захоронений продолжались в 2009–2011 и в 2013. В 2009 был вскрыт могильник с останками 16 человек, произведена экспертиза, установлена дата расстрела – 13 декабря 1918, идентифицированы останки одного из казненных – генерал-майора флота А.Н. Рыкова. В июне-июле 2010 на площади свыше 1200 кв. м обнаружено еще шесть захоронений общей численностью свыше 90 человек. В 2013 на площади 900 кв. м. обнаружены четыре захоронения с останками около 50 казненных. Следственным комитетом РФ по Санкт-Петербургу в возбуждении уголовного дела отказано «в связи с истечением срока давности». Хранение останков и других находок, обнаруженных в результате вскрытия захоронений, временно осуществляет Государственный музей истории Санкт-Петербурга.