Захоронения расстрелянных были обнаружены в результате поисковых работ в мае 1989 в окрестностях города Пудож, в сосновом бору (урочище Черная речка). Место расстрелов было определено по рассказам местных жителей, которые в конце 1930-х находили в лесу головные уборы приговоренных к казни. На участке площадью примерно 3 га обнаружено не менее 7 могильных ям. При вскрытии одной из них было эксгумировано 25 черепов с пулевыми отверстиями, фрагменты скелетов и личные вещи расстрелянных. Следствие, проведенное Прокуратурой Карельской АССР, показало, что «в местечке Черная речка… в конце 1930-х – начале 1940-х сотрудниками НКВД систематически проводились расстрелы лиц, репрессированных за совершение преступлений, предусмотренных ст. 58 УК РСФСР (в редакции 1926 г.). Среди этих лиц большая часть – жители Пудожского района, а также лица финской национальности и осужденные ББК». Первая группа (12 заключенных Пудожской тюрьмы) была расстреляна 5 августа 1937 во исполнение приказа НКВД СССР № 00447 от 30.07.1937, с этой даты идет отсчет Большого террора в Карелии. По мнению краеведа Е.Г. Нилова, инициатора поисковых работ, в урочище было казнено не менее 350 человек. Расстрелы производились и в других местах, которые пока не обнаружены. Списки расстрелянных в Пудожском районе по данным из Архива КГБ Карельской АССР частично публиковались в 1989 в газете «Пудожский вестник», позже они полностью вошли в «Поминальные списки Карелии».

Эксгумированные останки были перезахоронены на месте их обнаружения 14 октября 1989. Рядом был установлен столб с табличкой: «Место захоронения жертв репрессий НКВД-КГБ СССР в 1937-38 гг.» и два камня, обозначающих братские могилы. Между могильными холмами в тот же день установлена гранитная стела с надписью на мемориальной доске: «Памяти жертв репрессий в Пудожском районе в 30 – 40-х годах» – первый в Карелии памятник жертвам политических репрессий. Памятное место имеет статус объекта культурного наследия регионального значения (постановление Председателя Правительства РК № 333 от 25.05.1998). Траурные церемонии проходят 30 октября, в День памяти жертв политических репрессий. Уход за территорией осуществляют представители молодежных организаций.  Экскурсии с посещением памятника жертвам репрессий проводит Пудожский краеведческий музей.