Следственно-пересыльная тюрьма №1 УНКВД г. Новосибирска с 1929 по 1951 являлась одним из главных тюремных распределителей в СССР. По некоторым данным, тюрьма была рассчитана на 2000 человек, однако многие годы в ней содержалось в 3–5 раз больше заключенных. Отсюда их этапировали в лагеря Восточной Сибири и на Колыму. По данным историка А.Г. Теплякова, в 1938 году на втором этаже тюрьмы был оборудован так называемый «особый корпус»: камеры были переоборудованы в кабинеты следователей, в которых круглосуточно велись допросы. В связи с большим потоком арестованных, одновременно в тюрьме работало до ста следователей. После 1951 в здании тюрьмы располагался областной психоневрологический диспансер (до 2006), затем в течение шести лет здание пустовало. В начале 2012 здание было снесено, участок передан частному застройщику.

Представители общественности Новосибирска неоднократно отправляли в адрес Прокуратуры Новосибирской области обращение о возможных захоронениях на территории бывшей тюрьмы, но основательной проверки этих сведений не было предпринято. В частности, прокуратура Железнодорожного района в июле 2012 отказала председателю Новосибирского общества «Мемориал» А.Г. Рудницкому в принятии мер прокурорского реагирования на основании того, что «при визуальном обследовании строительной площадки наличие захоронений не установлено». В мае 2013 года во время строительных работ на этой территории были обнаружены останки (734 костных фрагментов, семь черепов), относящиеся предположительно к 1930-м – 1940-м годам. Стройка была приостановлена, останки изъяты следователями и направлены на экспертизу. О ее результатах Следственный комитет РФ по Новосибирской области официально не сообщил, уголовное дело не возбуждалось. 2 августа 2013 на заборе стройплощадки на месте снесенной тюрьмы общественниками был установлен временный памятный знак (баннер) с надписью «Здесь расстреливали людей. Новосибирская пересыльная тюрьма», через три часа он был демонтирован. Несмотря на общественное возмущение, 22-этажный дом бизнес-класса был построен и в конце августа 2016 сдан в эксплуатацию. Останки, обнаруженные в 2013, Следственный комитет передал А.Г. Рудницкому, и он несколько лет хранил их у себя в гараже (десять мешков с костями). Предложение общественности захоронить останки в Нарымском сквере (рядом с бывшей тюрьмой) поддержки у руководства города не нашло. Власти предложили сначала кремировать останки, а затем обсуждать, где упокоить прах. В апреле 2017 останки были кремированы, но место их почетного захоронения не определено. Капсулы с прахом хранились у А.Г. Рудницкого. На запрос НИЦ «Мемориал» о наличии в Новосибирске захоронений жертв политических репрессий, мэрия Новосибирска ответила (01.04.2014): «На территории общественных кладбищ Новосибирска места массовых захоронений жертв политических репрессий отсутствуют. Учет отдельных мест погребения граждан, признанных жертвами политических репрессий, не предусмотрен».

30 октября 2020 прах был захоронен на территории Закаменского крематория (г. Новосибирск, Гусинобродское шоссе, 80). На месте перезахоронения в рамках городской программы «Белый тополь» установлен памятник.