Овраги горы Каштак, примыкавшие к старому городскому кладбищу, в 1920-е – 1940-е являлись одним из мест захоронений расстрелянных в Томске («Страшный ров»). По данным историка Б.П.Тренина, здесь захоронены практически все расстрелянные в Томске в 1937–1938 (около 9 тысяч человек). В 1951 старое городское кладбище ликвидировано, на его месте построены новые корпуса завода «Сибкабель», затем жилые дома. В 1950–1970-е большинство захоронений было уничтожено в ходе расчистки территории. В процессе работ строители неоднократно обнаруживали человеческие останки и ликвидировали их по указанию Томского УКГБ. В 1989 члены Томского общества «Мемориал» провели пробные раскопки на одном из участков оврага. В 1995 «Мемориал» передал в Томскую прокуратуру очередную партию останков, выброшенных строителями. Судмедэкспертиза подтвердила, что останки принадлежат расстрелянным во второй половине 1930-х. Санкция прокуратуры на их перезахоронение была получена в 2002. 20 декабря 2002 останки были захоронены в братской могиле на Бактинском кладбище.  

В 2001 власти города приняли решение о сооружении мемориального комплекса на южной оконечности Каштачной горы. 9 февраля 2003 здесь был открыт и освящен девятиметровый поклонный крест на гранитном пьедестале (архитектор О.Лещинер), у его подножия укреплена гранитная плита с надписью «Вечная память невинно убиенным». В 2011 начались работы по сооружению на Каштачной горе храмового комплекса «Томская Голгофа». 17 декабря 2017  Митрополит Томский и Асиновский Ростислав освятил временный деревянный храм Новомучеников и исповедников Церкви Русской, входящий в комплекс.