В 1926–1935 кладбище являлось местом тайного захоронения расстрелянных по приговорам органов ОГПУ-НКВД, а также умерших в московских тюрьмах. Сведения подтверждаются документами из следственных дел, хранящихся в ЦА ФСК и в архиве Управления ФСК по г. Москве и Московской области. Обследование территории кладбища не производилось. Точное число похороненных не установлено. Список похороненных на Ваганьковском кладбище (733 человека) впервые опубликован Обществом «Мемориал» в 1995, впоследствии он был расширен и дополнен. В 1994 на кладбище при входе установлен памятник «Жертвам политических репрессий. 1927–1937».