«Коммунарка» – бывший «спецобъект» НКВД, в 1937–1941 одно из мест массовых захоронений расстрелянных на территории Московской области. Захоронения начались с 21 октября 1937 и систематически производились до середины октября 1938, продолжились в 1939 и, предположительно, возобновились с началом войны. Погребения осуществляли в заранее подготовленные рвы. О расстрелах на «Коммунарке» известно из устных свидетельств бывших сотрудников НКВД  и местных жителей, опрошенных в конце 1980-х - 1990-е, – документально они не подтверждены. В Экспертном заключении архивной службы ФСК от 06.04.1993 указано, что на территории «Коммунарки» захоронено от 10 до 14 тысяч человек. В опубликованных Обществом «Мемориал» расстрельных списках приводятся биографические справки на 4527 человек, расстрелянных со 2 сентября 1937 по 16 октября 1941 (данные получены из Центрального архива ФСБ). До конца 1990-х эта территория находилась в ведении УФСБ по Москве и Московской области и строго охранялась. В 1999 передана Русской православной церкви под подворье Свято-Екатерининского монастыря. В июле 1999 у въездных ворот был установлен поклонный крест. В ноябре 1999 по инициативе Международного общества «Мемориал» и родственников расстрелянных на ограде была установлена памятная доска с текстом «В этой земле лежат тысячи жертв политического террора 1930-1950-х годов. Вечная им память!». В 2001 были выполнены предварительные геофизические исследования для выявления погребальных ям и рвов. В 2000-е на территории были установлены памятники и памятные знаки – коллективные и личные. В 2007 освящена церковь Новомучеников и Исповедников Российских. Территория имеет статус объекта культурного наследия регионального значения.

В 2018 по инициативе Музея истории ГУЛАГа и при поддержке Фонда памяти на территории спецобъекта проведены исследовательские работы. Под руководством археолога Михаила Жуковского и заведующего кафедрой археологии исторического факультета МГУ Анатолия Канторовича был проведен ретроспективный анализ территории спецобъекта с использованием разведывательного аэрофотоснимка Люфтваффе, сделанного 26 августа 1942 года и современных методов компьютерной фотограмметрии. Так же, были  проведены визуальное обследование и заложено несколько стратиграфических разрезов. Исследования показали, что площадка массовых захоронений располагалась в дальней, западной части, на правом берегу реки Ордынка. Зафиксировано 47 котлованов длиной от 5 до 15 м, шириной от 2 до 5 м и площадью от 10 до 60 кв.м. Общая площадь выявленных объектов составляет около 1250 кв.м. По утверждениям исследователей, определено около 75% захоронений, вероятное количество захороненых - 6609 человек.  Восточная и южная части спецобъекта в качестве мест массовых захоронений, видимо, не использовались. В настоящее время Музей истории ГУЛАГа разрабатывает концепцию мемориализации Коммунарки.

27 октября 2018 на территории комплекса по инициативе Международного общества «Мемориал» и прихода храма Святых Новомучеников и Исповедников Российских в Коммунарке открыта Стена Памяти. На постоянных стендах размещены имена 6 609 тысяч людей, захороненных на этой территории со 2 сентября 1937 года по 24 ноября 1941 года. Памятник создан по проекту архитектора Петра Пастернака на средства от частных пожертвований, собранне фондом «Увековечения памяти жертв политических репрессий».

19 мая 2021 Государственный музей истории ГУЛАГа и Фонд Памяти открыли на территории комплекса информационный центр.